阿莫西林是一种抗菌药物，是口服的青霉素类药物，而口腔溃疡是因为黏膜表面糜烂、破溃造成，所以两者之间没有直接关系。但因口腔溃疡的患者由于黏膜破溃，口腔里有细菌存在，局部会有炎症和感染，尤其是对于炎症比较重的患者，阿莫西林有消炎、杀菌作用，对口腔溃疡愈合有一定辅助治疗作用。

对于口腔溃疡的治疗，更多是用促进愈合的药物，包括局部用的口腔溃疡膏等，既可止疼，又可促进创面愈合。同时要清洁口腔，通过漱口、刷牙，降低口腔中细菌对局部溃疡面的感染和刺激，通过这些措施可促进口腔溃疡的愈合。若溃疡较深较大，局部有明显炎症，如出现发烧，局部有脓性分泌物等情况，可适当选择口服消炎药物，包括口服阿莫西林。大多数的口腔溃疡患者，感染症状并不严重，并不主张过多使用阿莫西林类的抗炎药物。