扁桃体结石被确诊以后，一般多数情况下是需要到医院来进行清理。一般小的结石在门诊，可以用镊子进行夹出。大结石也需要观察结石情况，如果创伤比较大可能需要到手术室进行清理。如果扁桃体结石清理以后反复出现，或者是扁桃体结石的范围比较大，可能需要进行扁桃体切除来彻底根除。
不建议病人自己用家里准备镊子自己进行清理，因为这样可能会造成出血等情况，尤其是家里的镊子没有进行消毒，造成感染。一般多数清理完结石以后，多数要用抗感染进行辅助治疗。