拉肚子即腹泻，服用阿莫西林不一定有用。若为细菌感染引起腹泻，部分细菌若对阿莫西林敏感，即对这部分细菌有效。而对于其它对阿莫西林不敏感的细菌感染，也无效。因为阿莫西林是一种抗生素，抑制细菌繁殖和生产，但其抗菌谱有限，并非对所有细菌感染有效。另外，不建议经常应用，应用过多后会造成细菌耐药性，且抗生素会破坏肠道内的细菌平衡，会造成人体消化不良等，有时反而会加重腹泻。
引起腹泻的原因较多，最多见的是急性胃肠炎，可以是细菌或病毒感染引起。若为病毒感染引起，服用抗菌素无用。此外，部分患者是受凉引起，服用抗菌素同样无效。若为胃肠功能紊乱或肠道菌群紊乱导致，服用后会加重患者腹泻情况。此外，部分患者是因为食物不耐受或炎症性肠病等，所以要明确腹泻原因，再用药，最好在医生指导下服用，以免服用不当，加重病情。
