慢性咽炎病程较长，可以迁延数月、几年，甚至更长时间。慢性咽炎开始为急性咽炎，身体抵抗力较低时由于细菌或者病毒感染，引起上呼吸道感染，波及到咽腔黏膜，从而出现急性咽炎，包括咽痛、咽干、吞咽疼痛，并且伴有全身症状，比如发烧等。

治疗时可能控制住全身症状，但嗓子症状未完全控制，没有彻底治愈，从而导致炎症慢性发作。胃食道反流的患者由于胃酸反流，造成咽喉部黏膜出现炎症。如果胃食道反流不控制，慢性咽炎的症状也不易彻底治愈。