斜视手术最明显的后遗症主要是复视。如果两只眼睛视力均较好，斜视纠正一段时间适应后可恢复立体视。

还有一种后遗症为斜视纠正过多，内斜变成外斜，外斜变成内斜。但这种情况较少见，可能手术时做过矫或欠矫导致。此外，斜视术中将巩膜穿到眼球视网膜内，可出现较大的后遗症，可导致眼睛视网膜裂，相当于外伤，因此手术医生需尽量避免此类情况。因为部分斜视患者，巩膜较正常人薄，容易刺穿，所以手术时需非常谨慎。