复方胃蛋白酶散建议餐后服用，餐前服用可能会导致急性胃黏膜损伤，甚至诱发消化性溃疡。复方胃蛋白酶常用于消化功能不良、萎缩性胃炎的患者，临床中治疗萎缩性胃炎比较有效果的药物为胃复春、养胃颗粒等。

目前导致急性胃黏膜损伤，或消化性溃疡的主要原因为幽门螺杆菌、黏膜屏障功能受损、胃蛋白酶分泌过多等。其中幽门螺杆菌依然为导致胃炎、胃黏膜损伤、胃癌的主要因子，因此将其根除治疗至关重要，应进行规范治疗，否则可能会导致幽门螺杆菌耐药，造成难治性的幽门螺杆菌。