如果卵巢囊肿和系膜囊肿需要手术，则卵巢囊肿可能更严重，具体分析如下：

1、系膜囊肿：虽然是生长在输卵管系膜上的小泡，临床上系膜囊也有变成交界，甚至恶性的可能，但是相对来说较少，而且通常比较小。其形成是在胚胎发育过程中，男性的中肾管发育退化，而女性的副中肾管发育。虽然女性的副中肾管发育，男性的副中肾管退化，但是如果不完全遗留小泡，也称为中肾管遗迹，即系膜囊肿的由来。小泡在临床手术中可能会去掉，但是其通常比较小，临床上如果B超发现小的系膜囊肿，可以暂时不处理；

2、卵巢囊肿：相对比较复杂，各种各样的类型，除外生理性的因素以外，剩下的即病理性因素。均应该考虑手术治疗，包括上皮性的、生殖细胞来源的囊肿，还有巧克力囊肿，均有一定的恶变几率，而且会逐渐侵蚀卵巢，使卵巢功能受损失。