短效避孕药具有防止意外妊娠的作用，但当短效避孕药一旦停止口服月经则会恢复正常，排卵也会恢复正常，不会造成继发不孕。但是有一少部分紧急避孕药，由于激素含量水平过高，频繁、长期服用可能会出现月经失调、排卵异常，从而造成不孕。
短期可以吃紧急避孕药不会引起继发不孕，但是医生建议尽量避免长期、频繁服用，在不加任何保护措施的性生活后，可以偶尔借助紧急避孕药预防意外妊娠，但是不建议常规把紧急避孕药作为避孕方式长期使用。因为紧急避孕药可能会造成月经失调、排卵异常导致不孕，短期避孕药由于激素水平含量较少，通过抑制排卵或者抑制激素水平，增加宫颈黏液的黏稠度等机制，可以达到避孕的效果。在口服短效避孕药期间不容易发生意外妊娠，但是如果停药则会怀孕，会恢复怀孕的功能，所以短效避孕药不会造成不孕。
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