绝经后的卵巢囊肿不一定都为恶性，但是绝经后出现的囊肿恶变率会比绝经前高。绝经后仍然有大部分的囊肿是良性，因为在绝经以后卵巢组织虽然萎缩，但部分的肿瘤组织仍然未停止生长，会产生卵巢囊肿，但是肿瘤组织不一定均为恶性。所以绝经后如果出现卵巢囊肿，通常建议积极手术。因为绝经后出现的囊肿恶变率比较高，且通常不会自行消退。

由于大部分的囊肿都是良性，这时做普通的附件切除或者子宫加双附件切除可以解决。如果要判断囊肿是否恶性，除了超声、核磁检查等影像学检查，同时也要做肿瘤标志物的检查。通过核磁加肿瘤标志物检查，80%-90%的患者可以确定肿物的良、恶性，不必过度紧张。