早上起来小便疼痛的主要病因包括以下几个方面：

1、尿道炎：包括非淋菌性尿道炎和淋菌性尿道炎，是小便疼痛最常见的原因。发生非淋菌性尿道炎时，由于感染性致病菌刺激，尿道黏膜出现红肿、糜烂，甚至出现水疱、脓疱，水疱、脓疱破裂后会形成局部糜烂面，病人还会出现尿道口分泌物。而发生淋菌性尿道炎时会出现脓性分泌物，由于淋球菌可导致尿道黏膜红肿、糜烂，还会出现局部刺痛、局部刺痒等症状；

2、尿道结石：病人发生尿道结石时，结石嵌顿引起后尿道梗阻，会出现排尿不尽、排尿疼痛的症状，通常还可伴有镜下血尿或肉眼血尿。

病人出现早起小便疼痛应及时到泌尿外科就医，通过泌尿系彩超检查可以发现有无后尿道结石，通过尿道分泌物培养可以找到致病微生物。通过选择有效的抗生素，如磷霉素氨丁三醇散，配合阿奇霉素治疗，多数病人症状会明显好转。