目前对于神经官能症在临床上现已诊断为焦虑状态、焦虑症或者抑郁症，所以治疗反方法是针对焦虑症和抑郁症的治疗。现在临床用的治疗方法很多，比如SSRIs类抗焦虑药或者抗抑郁药，还有SNRIs类药物，就是5-羟色胺受体再摄取抑制剂以及去甲肾上腺素。这两类的药物都是可以应用的，也能够有效的治疗焦虑和抑郁，改善因为神经官能症或者焦虑症和抑郁症带来的临床症状。

除此之外，还有很多的中医中药的方法也可以应用，可以用一些疏肝解郁的药物进行治疗，也可以很好的治疗抑郁症，也可以辅助使用针灸等等方法。