随着腹腔镜、胆道镜、十二指肠镜在临床的广泛应用，胆总管结石的治疗更趋于微创化。几乎所有的胆总管结石均可进行微创手术，需要依据结石位置、大小，医院的技术条件、医生的技术水平决定微创治疗手段。

常见的微创手术包括腹腔镜胆囊切除，联合腹腔镜下胆总管切开取石、T管引流，或腹腔镜胆囊切除、经胆囊管胆道探查，以及腹腔镜胆囊切除联合十二指肠乳头切开取石等。选择何种治疗手段需要医生判断，如手术以后发生的胆总管结石，一般首选ERCP，恢复会更快。