治疗疟疾的主要药物是杀灭疟原虫的药物，杀灭疟原虫的药又分为较多种，临床上应用比较广泛且效果较确定、起效比较快的是青蒿素这一类药，比如蒿甲醚注射液、青蒿琥酯、双氢青蒿素。除青蒿素这类药物以外，还有其他如氯喹、伯氨喹，这些药物在临床上也有其用处。

当然在疟疾的治疗过程当中，也不仅仅是只要做好杀灭病原体工作即可，还应该注意保护患者的各个脏器功能，注意避免脏器发生功能的衰竭。比如高热、患恶性疟的病人，有时会用到糖皮质激素这种减轻炎症的药物，还有会用到预防肾衰竭的药物，比如碱化尿液的碱性制剂、水化药物，多输液像这些。