治疗儿童抽动障碍的科室，不能一概而论。儿童抽动障碍属于神经精神疾病，如果在县级医院，可能没有明确的分科，此时家长可以带患儿到小儿内科就诊。而部分综合性医院可能已经设立小儿神经专业，家长则可以带患儿到神经专科就诊。专业的儿童医院存在心理行为科，或者精神科，所以家长可以带患儿到此类科室就诊。

另外，部分抽动障碍的儿童首发症状为眨眼、清嗓子，家长可能会带患儿到耳鼻喉科或者眼科就诊，但此时通常建议家长带患儿到相应的科室就诊。