胸腔镜取活检时需要先在胸壁上打一个小孔，刀口长度根据情况决定，1-3cm不等，进入胸腔后，有胸腔镜光源照射，器械操作辅助切除，或者活检切取组织，取出后，尽快送医院病理科，进一步化验评估，再决定下一步的治疗方案。

胸腔镜活检是明确病理的一种方式，大多数来自胸膜疾病，或者靠近肺外周的小病变，可应用于病因不明的胸腔积液辅助诊断、肺外周小结节确诊及切除，以及靠近心脏的纵隔淋巴结肿大的诊断。以前靠近心脏的肿大淋巴结没有特别好的办法去取病理，故胸腔镜活检带来了新的诊断方法。