目前来讲，肛瘘不管是中医治疗还是西医治疗，如发现并明确确诊是肛瘘，首选手术治疗，而且目前也只有手术治疗才能够彻底治愈肛瘘。

肠道炎症性疾病、克罗恩病也会造成肛门局部形成肛瘘，这种情况下，如果克罗恩病没有控制，进行手术治疗后，肛瘘也会反复发作，不能治愈。

在这种病之外，通常情况下，肛瘘不论采取中医、西医方法，都采用手术治疗，手术是唯一能够根治的方法。