新生儿肠绞痛原因，目前不明确。最早观察孩子持续剧烈哭闹的医生把孩子这种表现称为肠绞痛，发作时主要表现哭闹，并有蜷腿蹬腿表现，因此医生推测孩子是因腹痛导致哭闹。但实际孩哭闹表现是不是胃肠道原因导致，并不确定。其它比如可能牛奶蛋白过敏，对母乳过敏或乳糖不耐受。另外外界环境温度影响，比如过冷或过热，都可能导致肠蠕动增加，神经发育不成熟等因素，都可能使孩子出现肠绞痛。
但目前没有特别明确证据证明上述因素和肠绞痛间有必然联系，可能单一因素，也可能是混合因素。如果出现上述表现，需注意观察和确认，有无上述可疑诱因存在。比如孩子同时腹泻、肠鸣音明显和大便有泡沫等表现，就需警惕孩子是否存在乳糖不耐受可能，也是引起肠绞痛最常见诱因之一。这时可针对性做相关病史追问和检查，及必要实验室检查，有助于病因判断。
