良性卵巢囊肿可能会复发，而是否会复发，主要和病理类型、手术方式有关，而且卵巢巧克力囊肿的复发几率较大。如果年轻患者出现卵巢巧克力囊肿，仅做囊肿剥除保留卵巢，则2/3的患者会出现复发。如果患者术后进行药物辅助治疗，可以降低术后的复发率、推迟复发时间。

如果患者存在卵巢畸胎瘤或单纯性囊肿，则复发概率降低，但不具有绝对性。若是绝经后或接近绝经年龄的患者出现良性卵巢囊肿，进行一侧或双侧附件切除，通常在术后不会复发。因此，良性卵巢囊肿是否会复发，主要取决于囊肿的病理类型以及保留卵巢的情况综合判断。