眼睛里面长水泡需要根据具体的疾病来处理，具体如下：

1、淋巴管堵塞：淋巴管组织阻塞后引起淋巴管扩张，在结膜上会出现透明的水泡，此时可以采取比较简单的手术，可以用针或者刀尖将淋巴管扩张的水泡挑破，使用麻药后，在裂隙灯下就可以操作。挑破后淋巴管堵塞的淋巴液就会释放，有利于好转，有时可能会复发，复发时也可以采取反复挑拨的方法进行治疗；

2、结膜囊肿：结膜上长出如椭圆形或者小球形的透明水泡，这种水泡比较规则，边界比较清晰。这种情况需要采取手术，通常在纤维镜下对囊肿进行剥离，剥离手术后结膜囊肿能够得到根治。