肠道菌群失调临床常见于肠道感染，临床表现常见为腹泻，腹泻伴随大便性状态改变，包括大便不成形、有黏液，甚至偶有脓血表现，可能出现腹痛、恶心、呕吐、发热等表现。

一般出现菌群失调，通过便培养采用针对细菌敏感性的药物治疗。病菌杀掉后，要重建肠道菌群，一般选用有益菌进行补充。另外，还要用胃黏膜保护药物和止泻药物进行辅助治疗。