甲氨蝶呤在临床上主要用于治疗一些肿瘤，包括急性粒细胞白血病，或非霍金氏淋巴瘤等非实体瘤，也可以是实体肿瘤，包括乳腺癌、肺癌、睾丸癌等也有可能会用到。
这个药除了治疗肿瘤外，还可能会治疗一些，如难治性的顽固性的牛皮癣，以及一些自身免疫性疾病也可能涉及到甲氨蝶呤的使用，甲氨蝶呤更多的时候是联合其他药物一起应用，而且上述的适应证有剂量差异，自身免疫性疾病可能剂量比较低，对于肿瘤治疗剂量就相对比较高。
上述的一些适应证都作为选择使用的适应证，一定要在专科的肿瘤医生，或相关的免疫科医生指导下用药，也就是只有具有相应适应证在医生指导下使用，结合一定剂量应用一段时间，联合其他药物来发挥一定的治疗作用，在医生的处方或医嘱指导下用药。
同时，药副作用也非常明显的，比如有恶心、呕吐等消化系统反应等，所以要在专业的药师指导下，药师监护下来用药，有利于这个药应用的安全和有效。
