铜绿假单胞菌也叫绿脓杆菌，对部分抗生素有天然的耐药性，如氨苄西林、阿莫西林、阿莫西林克拉维酸、一代头孢抗生素、二代头孢抗生素、萘啶酸、甲氧嘧啶等。此外四环素、阿奇霉素、红霉素、螺旋霉素、林可霉素等，对铜绿假单胞菌的作用也比较弱。

临床治疗铜绿假单胞菌感染，通常用半合成的青霉素类，如三代头孢类抗生素、四代头孢类抗生素、三代喹诺酮类抗生素、四代喹诺酮类抗生素以及碳青霉烯类抗生素。目前铜类假单胞菌的耐药率越来越高，临床需要联合使用抗生素进行治疗，建议进行细菌培养跟药敏试验，选择有效、敏感的抗生素，才能达到更好的治疗作用。