肚脐眼冷疼最常见的原因是肠道系统疾病，比如慢性肠炎、功能性肠病、炎症性肠病，或者受凉、细菌或病毒感染导致的胃肠炎，都可以出现肚脐眼凉的感觉。如果是炎症性肠病、细菌或病毒感染导致的，要请专科医生给予一些相关的治疗。如果是功能性胃肠病，可以通过调整肠道的运动功能和感觉功能，调节肠道菌群等来改变，肚脐眼凉的感觉会有明显改善。

肚脐眼凉、疼这种感觉，中医认为是脾胃虚寒的一种症状表现，是由于平时生食过多的生辣、生凉、刺激性食物，或者腹部长时间受凉引起。治疗方面考虑健脾温中的办法，常用的药物如理中丸，严重的情况可以口服附子理中丸。如果伴有明显的腹泻、腹痛的症状，可以考虑口服健脾丸或者参苓白术散等治疗。也可以配合针灸或者艾灸等治疗，对于肚脐眼凉、疼的患者会有明显的效果。

除此之外，平时饮食上要注意避免吃生冷刺激性食物，避免腹部受凉。但如果长时间如此，建议还是到医院就诊，做一些相关的检查，避免一些恶性的疾病。