滤泡性结膜炎，应根据不同病因，选用不同的药物治疗，具体如下：

1、病毒感染：可使用抗病毒的眼药，如更昔洛韦眼用凝胶、阿昔洛韦眼药水，甚至干扰素眼药水，同时配合抗菌素的眼药水，如罗红霉素、左氧氟沙星眼药水，预防感染。结膜炎患者，结膜下面有大量的淋巴管增殖，充血明显，大量形成滤泡，患者会有明显的异物感，因此可能配合使用眼表修复的药物，缓解刺激症状；

2、药物刺激：由于患者使用不恰当的刺激性药物，亦会导致滤泡性结膜炎的发生。不同的人群，对于药物的反应不一样，部分患者对阿托品，甚至富马酸依利色林等药物有刺激反应，会引起结膜滤泡大量形成，属于结膜免疫反应。需要停用药物，同时应用预防性的抗菌素眼药水，抗感染治疗，缓解症状。