非淋球菌性尿道炎的治疗，是以抗生素治疗为主。非淋球菌性尿道炎是一种性传播疾病，病原体通常为沙眼衣原体和支原体，所以在治疗上面选择抗生素，主要是针对沙眼衣原体和支原体，推荐使用多西环素、阿奇霉素或者左氧氟沙星，具体用药剂量或者用药周期由主治医生决定。

对于沙眼衣原体和支原体感染的患者，要求停止性生活，同时性伴侣也要进行治疗。对于反复发作或长期存在症状的患者，目前没有较好的治疗方法，如果这些患者过去没有进行过正规治疗，或者治疗后和性伴侣发生性关系再次感染，可以按照初始的方案进行治疗。如果治疗效果还不是特别好，建议查滴虫，因为有时候滴虫性阴道炎可以造成非淋球菌性尿道炎，此时用药应该以甲硝唑等药物为主。