二手烟可能对儿童呼吸系统造成损伤，呼吸系统是直接跟外界相通的器官，空气中含有某些有毒、有害物质，通过呼吸道进入体内对气道造成直接损伤。二手烟当中有很多有毒物质，像苯、有机物、重金属等，这些物质可以对呼吸道黏膜甚至黏膜上皮造成损伤，影响呼吸道的正常通气功能，呼吸系统当中也有很多的免疫细胞，对保护人类健康也有非常大的作用。
有毒、有害物质也可以侵蚀呼吸系统内，影响肺部的免疫组织和细胞功能，从而导致免疫组织不能正常工作，对呼吸系统常见的病原体侵蚀不能起到很好的保护作用，导致儿童发生呼吸道感染性疾病比一般的人群要高。
烟雾中的有毒有害物质直径＜1μm，可以通过血液循环到达人体的其它组织器官，像心脏、肝脏、肾脏等，对这些组织器官造成一定的损伤。烟草当中还有挥发性的物质，主要成分像尼古丁之类，会有一定的神经兴奋作用，儿童长期接触神经兴奋物质的刺激，会对神经系统的发育造成影响。