磁共振机器型号不同，运行时声音大小不一，但是一般都在人体能够承受范围内。

在进行磁共振检查时，要求声音尽量低于120dB，如果整个检查期间平均声音＞99dB，可以戴保护性耳机或耳塞，以增加患者舒适感。对于3岁以下儿童，尽量控制噪音＜90dB。大部分磁共振检查序列噪音不太高，但有极个别序列噪音比较大，比如弥散加权检查DW序列、梯度回波系列，给予佩戴保护性耳机、耳塞，一般患者能够承受。