部分胃食管反流的患者有咽炎，表现为咽痛、咽喉总有痰，主要是胃内酸水反流至咽喉部对咽喉产生刺激。需从根源进行治疗，服用促进排空的药物如莫沙必利、促胃肠动力药，可促进食管的廓清功能，将酸水尽早下排。

另外，可服用抑酸药物如耐信(埃索美拉唑)、奥美拉唑，抑制胃酸产生，对食管、咽喉造成局部的刺激、胃食管反流所造成的咽炎进行针对性治疗。严重的胃食管反流药物停药后可复发，或药物效果不理想，建议进行抗反流手术，是一种微创手术，将胃食管连接部的松弛改善，没有反流后咽喉无不适症状。