激光治疗近视是比较成熟的技术，但手术难免会有并发症或者危害，主要危害是因为激光在角膜组织上进行操作。准分子激光是做角膜瓣，而全飞秒激光是做角膜基质，两者都是在角膜进行操作，会损伤角膜组织。角膜组织中虽然是没有血管，不易出血，但有大量的神经纤维末梢，如果损伤神经纤维末梢，会使患者术后感到术眼疼痛。更严重的后果可能会造成术后的干眼，因为神经末梢被损伤之后协助分泌泪液的功能减弱，导致泪液分泌减少，因此患者容易产生术后干眼。
另外一种情况术后夜间视力下降，还有术后夜间眩光，均会影响患者术后夜间出行或夜间驾驶的安全。另外，激光手术极易造成屈光回退，这种情况多发于原本屈光度较高的患者，如高度近视的患者术后1-2年或更长时间后，会发现度数增高，这种屈光回退是激光手术常见的并发症。
