肛周脓肿并发症相对比较多，常见并发症是可能会形成肛周瘘管。如果肛周脓肿比较严重、患者本身患有糖尿病或其它严重免疫系统疾病，可能还会发生局部组织坏死或筋膜溃烂。

如果肛周脓肿没有及时治疗，感染可能会向盆腔蔓延，导致直肠阴道瘘和膀胱瘘。因此，建议患者出现不适后及时到医院就诊，明确诊断后采取相应治疗措施。