肌肉萎缩可由许多疾病引起，一部分疾病可以同时伴有肌肉萎缩、肌肉无力以及肌肉疼痛，如脂质沉积性疾病，是因为脂肪代谢异常引起肌肉细胞中的脂质沉积，可导致肌肉萎缩、肌肉酸痛，活动以后症状可加重。

糖原贮积病Ⅴ型除了肌萎缩以外，还会伴有运动后肌肉痛和肌痉挛，比较常见。另外，肌肉疼痛比较明显的疾病部分为神经源性损害，也可同时伴有感觉神经损害，伴有不同程度疼痛，如脊髓损伤以后的后遗症、脊髓空洞症等，均可伴随疼痛。总而言之，一部分肌肉萎缩相关疾病可以伴有肌肉痛和神经痛，一定要加以注意。