输尿管炎可由下尿路感染逆行感染引起，如急性膀胱炎引起输尿管炎，还可引起肾盂肾炎同时合并输尿管炎。特异性的感染如泌尿系结核感染时，结核杆菌可通过肾盂向下排出杆菌至输尿管，引起输尿管炎症；

长期输尿管结石可引起黏膜刺激，导致输尿管黏膜炎症。此外部分腔内手术如输尿管镜下肿瘤切除、结石碎石或术后留置输尿管支架管，也可引起输尿管表面炎症。