失眠进行针灸对身体几乎无副作用，不同失眠患者对针灸敏感性不同，疗效略有差别。只要是专业医生按照医疗规范进行操作，可以有效避免针灸操作带来的不利影响。接受针灸操作的同时患者需最大程度处于放松状态，避免在过饱、过饥或过劳状态下接受针灸治疗，避免出现晕针、弯针、滞针等意外情况发生。如果发生上述意外情况，医生及时正确处理后不会造成身体伤害。
但对针灸过于恐惧的患者，医生如果经过安抚后仍无明显缓解，建议暂缓针灸治疗。医生操作不当会出现不良反应，例如造成患者血管、神经损伤等。若医生操作手法较重且患者对疼痛耐受较低，可出现疼痛感明显的情况。在正规医疗机构进行针灸治疗较安全，医生会避开人体要害以及特殊部位做出相应治疗方法调整。患者在治疗前需将特殊情况提前告知医生，例如经期或妊娠期，通常不会造成危害。
