宫颈癌疫苗与其它普通疫苗，如乙肝疫苗、流感疫相同，均较安全。但注射疫苗可能会发生不良反应，比如低热、乏力、头晕、恶心、皮疹及注射局部可能出现红肿等症状。不良反应发生率较低，大部分患者在24小时以后症状均会消失，在3-5天症状均可消失。

若宫颈癌疫苗运输、保存、冷链方面不规范，会出现安全问题。此外，并非接种宫颈癌疫苗一定不会出现宫颈癌，接种后仍然建议定期进行宫颈癌筛查。