前列腺炎发生时可以应用阿莫西林，但阿莫西林在前列腺炎的治疗当中并不是首选药物，主要是由于阿莫西林难以通过前列腺的血-前列腺屏障，进入到前列腺包膜内，起不到足够的杀菌效力。所以在前列腺炎发生以后，抗菌素的选择主要是选择脂溶性比较好、能够通过前列腺包膜、血浆蛋白结合比较低，还有就是偏碱性的药物。
在传统上对于前列腺炎发生以后，推荐应用的抗菌素是磺胺类药物，但是磺胺类药物副作用比较大，所以目前在临床上应用很少。推荐应用的一线治疗药物是喹诺酮类，尤其是第三代喹诺酮类药物左氧氟沙星。左氧氟沙星能够通过血-前列腺屏障，进入到前列腺包膜内，而且抗菌谱也比较广，杀菌效力也比较强。
其他还可以通过血-前列腺屏障进入到前列腺包膜内的药物，主要是大环内酯类药物，尤其是新型的大环内酯类药物，被认为作用效果更好，目前在临床上应用得也比较多。
