角膜移植免疫排斥的发生几率，需要结合植片大小判断，越接近角膜中央的移植其排斥越低，越接近周边排斥率越高。因为角膜缘周边有丰富血管网，与血管接触后更容易发生排斥反应。故角膜移植以后排斥反应的发生率，与疾病性质、炎症严重程度、移植植片的直径大小有关，植片直径越大排斥发生率越高。
有些疾病，比如圆锥角膜本身是一种变性类疾病，伴有角膜营养不良，局部炎症反应非常轻。这一类的疾病做角膜移植以后，排斥几率很低。此外，手术方式也很重要，比如穿透移植和板层移植的排斥几率不同，穿透性角膜移植的排斥几率，相对比板层角膜移植的排斥几率高很多。