婴儿肛裂多数可以自愈，因为婴幼儿皮肤黏膜弹性较大，肛裂通常止步于慢性溃疡阶段，一般不会发展到瘢痕性狭窄。

患儿可以进行局部消毒、碘伏消毒、外涂抗生素软膏、热敷、1:5000的高锰酸钾溶液坐浴等方法治疗。同时可以调整婴儿的饮食，多进食富含纤维素的蔬菜和水果，促进婴儿养成良好的排便习惯，避免便秘的发生，促进患儿肛裂自愈。

如果患儿发生便秘，可以用开塞露或者温盐水灌肠促进排便。若保守治疗无效，长期严重的肛裂需要局部注射封闭或者手术治疗，但临床上较少见。