皮脂腺囊肿较小时，可通过通畅皮脂腺导管的方式进行治疗，如给予酸溶脂或面部清洁。若可清除皮脂腺导管的阻塞物，则可治愈皮脂腺囊肿。但若皮脂腺囊肿较大，如花生米样大小，无法通过通畅导管的方法解决，则需采用局部手术切除，且需将囊膜完整切除，不易复发。

如果皮下囊肿发生感染，则不适合进行手术治疗。要先控制感染，如已形成脓肿，要切开引流，待炎症完全消退后再考虑手术治疗。因炎症时进行手术往往无法彻底清除，且易复发。故若怀疑皮脂腺囊肿发生恶变，应及早切除，通过病理检查确诊，术后可辅助一定的局部放疗，达到根治效果。