尿频、尿急、尿痛是泌尿系统结核的早期症状，以尿频最为多见。尿频早期发生的原因是结核杆菌刺激膀胱，随着疾病进展造成结核性膀胱炎，尿频、尿急、尿痛症状加重，到终末期发生膀胱挛缩，膀胱容量减少，此时尿频症状更加严重，严重的时候一小时有数次排尿。

其它症状包括血尿，血尿最早表现是初始或者终末血尿，如果肾结核侵犯到血管，可以出现全程无痛性肉眼血尿。脓尿也是肾结核的典型表现，通常尿液呈洗米水样。症状还包括腰痛和肿块，血尿通过输尿管的时候，由于血块刺激产生类似于肾绞痛的症状，因为形成梗阻导致积水而形成的巨大肿块，并出现腰部疼痛症状。泌尿系统的结核通常可以侵犯男性生殖系统，引起生殖系统结核，患者在患有泌尿系统结核之后会出现全身症状，具体的表现为发热、盗汗、衰弱、消瘦等。