肛窦是直肠、肛管的正常解剖结构，由于其解剖位置的特殊性，在肛窦部位常会有大便存留，粪便存留在肛窦部位，如出现局部的损伤，容易形成肛窦炎，肛窦炎是形成肛瘘的炎症基础。出现肛窦炎的时候，要减少刺激性食物的摄入，并且保持大便通畅，尤其要减少摄入辣椒、酒精等，可以减轻肠道和局部肛门的功能负担，减少因此而产生的局部损伤。

出现肛窦炎的时候，可以适当应用痔疮类或活血化瘀的药物，通过加快局部的血液循环，以促进相应炎症的吸收。如有必要，还可以配合全身应用抗生素，以加快对细菌的感染控制。一旦出现因肛窦炎引起的肛周脓肿或肛瘘，要及时进行切开，使脓肿或肛瘘由内向外生长、愈合，才能治疗肛周相关感染性疾病。