正常菌群是指在正常状态下，寄生在体表或者各种腔道的细菌，这些细菌正常状态下对人体是有益的，而且这些菌群起到互相依赖、互相制约的作用。当这些菌群一旦被打破，局部免疫功能低下，或者细菌异位到其他部位，这种情况下可能会对人体造成感染。

正常状态下，人体能够寄生菌群的部位比如表皮，通常可能会寄生表皮葡萄球菌、大肠杆菌等。口腔一般常寄生的是葡萄球菌、链球菌，以及厌氧菌、白色假丝酵母菌等。另外还有最大的寄生菌群就是肠道寄生的细菌，主要是肠杆菌科的细菌，以及肠球菌、葡萄球菌、厌氧菌、双歧杆菌、乳杆菌等。还可以寄生于泌尿系统，比如泌尿道常可以寄生大肠杆菌、肠球菌，以及假丝酵母菌。阴道也可以寄生细菌，主要乳杆菌、假丝酵母菌等。

这些寄生的细菌，正常状态下不会对人体造成疾病，但当局部的免疫功能低下，免疫屏障被打破或者细菌引起了异位，或者是菌群紊乱，引起某一种细菌过度生长，就有可能造成疾病。