胃肠神经官能症的诊断要比较慎重，主要是排除胃肠道器质性疾病，通过胃镜、肠镜检查没有发现器质性疾病，可以诊断为胃肠神经官能症。胃肠神经官能症属于功能性胃肠病，可以从以下方面进行治疗：

1、调节情绪，进行必要的心理疏导，让患者保持愉悦心情，避免紧张、焦虑；

2、必要时使用抗焦虑、抗抑郁药物；

3、根据每个人的不同情况、不同消化道症状，考虑使用相关药物，如腹痛患者可以选择抑酸药，俗称PPI制剂。如果有腹胀，可以选择促胃肠动力药。伴随消化不良患者可以用助消化药，少部分患者与幽门螺杆菌相关，根除幽门螺杆菌以后可以改善症状。