前列腺炎的时候应用阿莫西林可能有效果，但是阿莫西林并不是前列腺治疗的首选药物。前列腺炎发生以后，其抗感染的药物选择的依据是脂溶性的，比较好的能够透过前列腺包膜，而且与血浆蛋白结合比较低的偏碱性药物。
因此在临床上传统是推荐应用磺胺类药物，但磺胺类药物由于副作用比较大，目前在临床上应用已经相对较少。在临床上推荐应用的抗菌素是喹诺酮类，尤其是第三代的喹诺酮类抗菌素，如左氧氟沙星等，是治疗的主要一线用药。对于左氧氟沙星，可以透过血-前列腺屏障，进入到前列腺包膜以内，同时其抗菌谱也比较广，而且杀菌的能力也比较强，所以作为一线药物应用于前列腺炎的治疗。
此外，其它能够有效通过血-前列腺屏障的，还有大环内酯类的药物。大环内酯类的药物最常用的是阿奇霉素，此类药物可以进入到前列腺包膜内，而且新型的大环内酯类的药物，目前认为作用效果更佳。
