吃紧急避孕药最主要的副作用是容易引起内分泌的紊乱。紧急避孕药是在没有保护的情况下同房以后比较积极的一种避孕措施，这种方式不是100%能够达到避孕，因此有很多人吃紧急避孕药以后仍旧怀孕。紧急避孕药比长期口服的短效避孕药的效果差，长期吃口服的短效避孕药的效果能达到99.9%。然而紧急避孕药即便是最好的情况下也不能达到这样好的效果，可能有10%-15%的失败率，失败就是一种危害。
紧急避孕药的副作用除比普通，短效，长效的避孕药的安全性差以外，紧急避孕药也会引起内分泌的失调。因为紧急避孕药含有雌、孕激素，干扰孕囊着床的过程，会导致异常的阴道出血、月经不调，也就是在不该来月经的时候提前或者滞后出现不规则的阴道出血。一年之内最好口服不要超过三次的紧急避孕，所以紧急避孕药除非万不得已，一般情况下不要服用。
此外，推荐采取一种长期使用，稳定而又可靠的避孕方式，比如口服短效的避孕药。已婚已育的妇女可以使用避孕环或者是避孕皮埋，能够起到对生育力的保护作用。
