甲状腺结节消融治疗几乎不存在副作用。甲状腺消融技术是纯粹的热量治疗方式，通过高温杀灭、烧毁肿瘤细胞。

在操作过程中，依靠热量进行治疗，相对于其它方式或化学药品杀灭肿瘤，这种治疗方法的毒副作用非常小。甲状腺消融技术通过微波产生80℃-90℃高温，烧毁肿瘤细胞，即蛋白质，达到非常好的治疗效果，治疗后发生遗症或并发症的几率非常小。

在治疗过程中，基本可以达到简便、微创，而且操作较为安全。治疗后观察1小时就能出院，操作风险也较小。