先天性巨结肠的手术费用由于区域不同，手术费用也会有所不同，北方地区可能手术费用相对偏少，偏贫困的地区的治疗费用也会偏少，而发达地区或南方地区的收费标准可能会相应提高，费用也会有所区别，但总体费用大致为50000-100000元。

先天性巨结肠的手术治疗以结肠切除为主要方式，结肠切除以后需要进行肠道重新吻合，在肠道吻合的过程中需要用一次性的吻合器械，这种吻合器械的费用相对较贵，有的器械是国产的，价格相对便宜一些，而有的器械是进口的，就相对较贵，而且手术还分为腹腔镜手术、开腹手术，费用都不同。