射精时下腹部疼痛可能发生精囊炎或前列腺炎，如果由于局部肌肉疲劳导致休息即可。当射精时牵涉到局部发生病变器官，由于存在炎症而产生下腹部疼痛，疼痛部位可能为精囊和前列腺。射精时精液从精囊排出，通过射精管在前列腺附近进入到尿道，再从尿道排出体外。通常多数男性无法明确疼痛具体位置，但精囊中出现炎症时会导致射精时精囊的痉挛，而前列腺有明显炎症时也会导致射精时对前列腺的刺激。

以上两种炎症都表现为射精时可能会发生下腹部疼痛，由于位于盆腔深处难以明确具体部位，仅能模糊判断为下腹部疼痛。射精时下腹部疼痛提示有精囊炎和前列腺炎风险，但并不意味着排精过程不利或为炎症所致，当发生炎症时需要药物治疗改善症状，也可以通过排精过程缓解炎症。不建议由于疼痛而抵触性生活，建议到医院就诊进行详细检查，配合药物治疗，此后正常性生活即可。经过一段时间的治疗疼痛症状可逐渐治愈。