临床上脑死亡的判断取决于原因，不同疾病原因，造成大脑不可逆的功能衰退、消亡，最终可导致脑死亡，比如外伤、严重缺血、严重缺氧以及不可逆的脑部重大疾病、全身性恶性疾病，最后造成不可逆的大脑、呼吸功能衰竭，患者无法恢复自主呼吸，只能依靠机器维持呼吸。此时瞳孔对光反应完全消失，浑身肌肉无自主活动，虽然患者可维持心跳，但此时属于脑死亡。

临床上如果观察患者大脑缺氧4-6分钟，便可造成不可逆的脑损伤，可宣告大脑生理功能消失，即发生脑死亡。临床还有多种临床医生掌握相应的标准、指征，可以宣布患者脑死亡。