飞秒激光治疗近视眼，通常优于准分子治疗近视眼，较以往的准分子激光取得较大进步，并根据手术类型不同，优缺点一般包括以下几方面：
一、飞秒激光手术：
1、全飞秒激光手术：不操作角膜瓣，对角膜的神经损伤比较少，术后发生干眼、瓣下浑浊、半复位不良的可能性比较低，术后恢复比较快。但全飞秒手术不容易进行二次手术；
2、半飞秒激光手术：通过飞秒激光制作角膜瓣，再辅以准分子激光，较以往的准分子激光相比，瓣膜复位更好，更不易发生瓣下浑浊，术后并发症的发生几率较低，导致角膜损伤也较小。半飞秒激光在某种意义上，改善准分子激光治疗近视的缺点，优于准分子激光治疗近视。
二、准分子激光治疗近视：
在手术时可以对角膜厚度要求更低，适合角膜比较薄的患者进行手术，但是准分子激光手术，一般术后患者有比较明显的症状。
