表皮葡萄球菌肺炎的病因是表皮葡萄球菌感染，表皮葡萄球菌是寄生于人皮肤的条件致病菌，通常不会引起发病，但在机体免疫功能低下状态、皮肤出现破损等可引起发病。表皮葡萄球菌寄生部位改变后，可入血迁徙到肺部或被患者经口咽部吸入到肺部，都可以引起表皮葡萄球菌肺炎。

另外，引起机体免疫力低下的情况包括感冒、着凉、长期卧床以及存在基础疾病，比如慢性阻塞性肺疾病等慢性呼吸系统疾病，或者糖尿病、心脑血管病等。